A lo largo de sus historia, la organización académica del COMIE se ha consolidado en 18 áreas temáticas que definen las líneas de investigación de sus asociadas y asociados, estas son:
| 1. Filosofía, teoría y campo de la educación |
| 2. Historia e historiografía de la educación |
| 3. Investigación de la investigación educativa |
| 4. Procesos de aprendizaje y educación |
| 5. Currículo |
| 6. Educación en campos disciplinares |
| 7. Prácticas educativas en espacios escolares |
| 8. Procesos de formación |
| 9. Sujetos de la educación |
| 10. Política y gestión de la educación |
| 11. Educación superior y ciencia, tecnología e innovación |
| 12. Evaluación educativa |
| 13. Educación, desigualdad social e inclusión, trabajo y empleo |
| 14. Educación y valores |
| 15. Convivencia, disciplina y violencia en las escuelas |
| 16. Multiculturalismo, interculturalidad y educación |
| 17. Educación ambiental para la sustentabilidad |
| 18. Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) en educación |